Fundado em 2000, o CIIMAR mobiliza uma equipa multidisciplinar, altamente qualificada (474 membros, incluindo 210 doutorados) que trabalha na fronteira do conhecimento e da inovação. A sua missão consiste em promover a investigação transdisciplinar, o desenvolvimento tecnológico e a formação, contribuindo para o avanço do conhecimento científico e da sustentabilidade do ambientes marinho e costeiro.
As áreas de especialização do CIIMAR cobrem três domínios de investigação: ALTERAÇÕES GLOBAIS E SERVIÇOS DOS ECOSSISTEMAS, BIOLOGIA, AQUACULTURA E QUALIDADE DOS PRODUTOS ALIMENTARES DE ORIGEM AQUÁTICA, BIOTECNOLOGIA MARINHA, abordando importantes desafios económicos e sociais e contribuindo para alcançar os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável da ONU. Para cumprir a sua missão e construir uma compreensão e valorização partilhada do oceano, o CIIMAR está fortemente envolvido em parcerias, no envolvimento dos cidadãos e em literacia do oceano.
O CIIMAR publica anualmente apróximadamente 450 publicações ISI (60% Q1), apoia mais de 100 teses de doutoramento/mestrado e participa de redes de inovação e conhecimento relevantes a nível europeu e global (por exemplo, MARBEF, EUROMARINE, EPBRS, EATIP, ICES, EOOS, AtlantOS, GEO BON, MBON, EMB). O centro dispõe de laboratórios bem equipados, plataformas tecnológicas, instalações de cultivo e experimentação animal aprovadas pela Autoridade Veterinária Portuguesa (DGAV). O CIIMAR integra infraestruturas de investigação de relevância nacional e europeia, como por exemplo European Marine Biological Resource Centre (EMBRC-ERIC), European Multidisciplinary Seafloor Observatory (EMSO-ERIC) e Microbial Resource Research Infrastructure (MIRRI-PT).